Az egészségkiegészítőkként forgalmazott probiotikumok megjelenésével a bélrendszer baktériumait "jó" vagy "rossz" baktériumoknak nevezik. A Harvard Medical School Family Health Guide szerint az átlagos ember körülbelül 100 billió baktériumot tárol a bélben. A "jó" baktériumok számos szükséges funkciót látnak el a bélrendszerben. Néhány "rossz" baktérium nem okoz problémát, mindaddig, amíg alacsony a számuk, de betegséggé válhat, ha szaporodnak vagy a test más részeire utaznak.
A rossz baktériumok legyőzése
A jó baktériumok megakadályozzák, hogy a rossz baktériumok többféle módon szaporodjanak és betegségeket okozzanak. Tápanyagokat fogyasztanak fel, így a rossz baktériumok nem férhetnek hozzá hozzájuk. A leginkább a vékonybélben megtalálható laktobacillusok és elsősorban a vastagbélben található bifidobacteriumok tejsav, hidrogén-peroxid és ecetsav előállításával fenntartják a savas környezetben a belekben. A savas környezet megakadályozza a rossz baktériumok növekedését. A jó baktériumok erősítik a nyálkahártya szövetet is, amely a bél belsejét vonzza be, megnehezítve a toxinok számára a lábujj megszerzését és tartózkodását.
Tápanyagok emésztése
Az étel emésztése a jó baktériumok hatásától függ, amelyek lebontják az összetett cukrokat, fehérjéket és zsírokat, így a test felszívja energiáját. A laktobacillusok, a vékonybélben található domináns mikroorganizmusok lebontják a fehérjéket, valamint a tejtermékekben található laktózt és a felszívódáshoz szükséges koleszterint.
Szintetizáló vitaminok
Egyes baktériumok szintén szintetizálnak vitaminokat. A Lactobacillus acidophilus előállítja a K-vitamint. A tejsavbaktériumok előállítanak néhány B-komplex vitamint, míg az enterális baktériumok B-12-vitamint.
Segít az immunrendszerben
A jó baktériumok nagy szerepet játszanak az immunrendszer támogatásában. A Lactobacillus egyik típusa, az L. caseii baktériumokat termel, olyan vegyületeket, amelyek korlátozzák a káros baktériumok növekedését a vékonybélben. A jó baktériumok növelik a fehérvérsejteket, úgynevezett T-sejteket, amelyek elősegítik az immunrendszer reakcióját a káros baktériumokkal szemben. A Vegetrans Administration Puget Sound Health Care System által elvégzett, a „The American Journal of Gastroenterology” 2006. áprilisi számában közzétett, rendelkezésre álló tanulmány áttekintése megállapította, hogy a „jó” baktériumokból álló probiotikumok szedése lerövidítheti a hasmenés időtartamát antibiotikumok beadása és Clostridium difficile fertőzések esetén.